Para garantizar el buen trabajo y entrega de resultados de la actual administración, los Órganos Fiscalizadores (Auditoría Superior de la Federación, Secretaría de la Función Pública, Auditoría Superior del Estado de Hidalgo y el Órgano Estatal de Control) vigilan la eficiente y eficaz gestión de los recursos públicos. Con el propósito de fortalecer la atención a las auditorías, la Secretaría de Contraloría imparte semanalmente capacitaciones, como fue el caso de la ponencia "Observaciones Recurrentes a Municipios y al Gobierno del Estado", a la cual asistieron administradores gubernamentales.
Los ejercicios de fiscalización se realizan en coordinación con la Auditoría Superior de la Federación y la Secretaría de la Función Pública, con el objetivo de fortalecer el Sistema Estatal de Control y Evaluación de la Gestión Pública. Cabe destacar que los sectores de educación, salud, participación social, cultura, seguridad, infraestructura social y saneamiento financiero son los más auditados por dichos órganos, los cuales realizan los procesos por etapas y plazos de atención, conforme a la normativa aplicable, todo ello con el fin de obtener mejores resultados.
En las auditorías a las cuentas públicas se resaltan las observaciones más frecuentes de las entidades fiscalizadas en rubros como adquisiciones, control interno, operaciones contables presupuestales y patrimoniales, transparencia e información sobre el ejercicio del gasto; planeación, programación y presupuestación en obras públicas, así como los servicios relacionados con las mismas, con la finalidad de enfatizar las repercusiones derivadas de aplicar los recursos de manera incorrecta.